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生命科学预印本的一站式网站,会成为另一个arXiv吗?

2017-02-23 Nature自然科研 Nature自然科研


原文以Heavyweight funders back central site for life-sciences preprints为标题

发布在2017年2月13日的《自然》新闻上

原文作者:Ewen Callaway


科学家和研究机构团体支持创建一个一站式的预印本服务器。


对于迫切希望在接受同行评议前在线分享自己发现的生命科学家而言,他们的选择不胜枚举。物理学家基本只用一个知识库——预印本服务器arXiv, 而生命科学家可选择的预印本网站却越来越多。既有以生物学为主的bioRxiv,arXiv上也有生物学板块。


但自去年以来,又有大量预印本网站涌现出来,之后或许还会出现更多。生命科学家还能选择以下网站:面向化学的ChemRxiv,面向心理学的psyArXiv,甚至还有面向农业科学的AgriXiv和面向古生物学的paleorXiv。


现在,一个由生物医学资助机构和科学家组成的联盟主张建立一个“一站式网站”,将所有生命科学预印本集中起来。支持者认为此举能消除混乱,让用户更加方便地搜索预印本文献,从中获取所需的信息。2月13日,由提倡预印本的生物学家组成的草根团体ASAPbio呼吁筹资创建一个集中的预印本站点;美国国立卫生研究院(NIH)、惠康基金会和其它多家顶尖资助机构都宣布支持这一想法。 


“(如果不行动起来,)可能很快就会出现支离破碎的局面,”惠康基金会的数字服务主管Robert Kiley说。“我们希望找到一种方法,确保即使预印内容 48 30837 48 14985 0 0 1619 0 0:00:19 0:00:09 0:00:10 3128 48 30837 48 14985 0 0 1461 0 0:00:21 0:00:10 0:00:11 2982 48 30837 48 14985 0 0 1331 0 0:00:23 0:00:11 0:00:12 2982 48 30837 48 14985 0 0 1222 0 0:00:25 0:00:12 0:00:13 3033 48 30837 48 14985 0 0 1119 0 0:00:27 0:00:13 0:00:14 3060分布在天南地北,仍然能有一个集中的站点将它们汇集起来。”


Alex Fan


ASAPbio的总监Jessica Polka表示,这一站点的具体细节还未成形,服务范围将取决于具体的领域及其资助机构。不过,除了整合其它以生物学为主的预印本站点的内容之外,ASAPbio还希望与arXiv网站,以及和美国化学学会计划于近期推出ChemRxiv整合。 


天下预印本尽聚于此

支持者希望,一个集中式站点能吸引生物学家像物理学家一样由衷地接纳这种实践。在同行评议期刊上正式发表前几个月,物理学论文就会出现在arXiv.org上,因为研究者都希望赶在竞争对手前在线公布自己的发现。现在,预印本已成为了一项公认的评判标准,可用于确定谁先作出了某项发现,也可用来申请经费和求职。ArXiv每年处理的物理、数学和计算机科学论文数量超过10万篇。(2016年,最大的生命科学预印本服务器bioRxiv发布了约5000篇论文。)


arXiv/PrePubMed/bioRxiv


1991年,康奈尔大学理论物理学家Paul Ginsparg创立了arXiv,他说:“arXiv得到的经验之一是,用户更偏好‘一站式购物’。”他认为,只要分散的站点同意采用统一的技术标准,那么生命科学预印本整合站点也能一样行之有效。


加利福尼亚大学旧金山分校的细胞生物学家、ASAPbio创始人Ron Vale表示,集中式预印本服务也有助于科学家用自动化软件挖掘有用文献。目前,研究人员若想挖掘同行评议论文,会面临大量障碍,包括版权问题和网站分散、批量下载不易等等。“我们正试图将预印本当成数据,”Vale说。在集中式的预印本站点上,预印本将拥有开放获取许可,因此,不论从技术上还是法律上而言,使用计算机爬取预印本都相当方便。


Polka不愿透露ASAPbio对于该站点成本的预期,但arXiv一年的筹资总额约为92.5万美元,由全球200多家研究机构和资助机构支付,还刚刚收到了西蒙斯基金会(一家位于纽约的私人机构)的一大笔捐款。Ginsparg表示,一旦每年发表的论文数量达到万篇级,生命科学整合站点的费用就应该在每篇论文5美元左右。支持该站点的资助机构尚未承诺为其支付费用,但是Kiley预计在相关细节公布出来后,这些机构将会有所表示。


出面支持集中式站点的资助机构还包括英国医学研究理事会、霍华德·休斯医学研究所(HHMI)、加拿大卫生研究院和欧洲研究理事会。Vale说:“这向科学界传递了一条强烈的信息,即这样的交流是受到鼓励的。”上个月,HHMI宣布,在决定是否与研究者续签其著名的五年期资助时,会将预印本纳入考虑范围。


文化挑战

期刊PeerJ(也运营预印本服务)的首席执行官Jason Hoyt表示,他支持创建一个集中式的预印本站点,且表示他的公司或许还会为这一站点的创建提供帮助。不过,他说,要想让这样的站点取得成功,必须引导大批生命科学家将预印本视为职业发展过程中的重要筹码。“挑战在于颠覆生物学界的既有观念。”


ASAPbio以及支持集中式预印本服务的资助机构都强调,它并不是同行评议期刊的替代品。他们表示,arXiv发布的绝大多数论文(某些领域达80%以上)最终都在期刊上发表了。“我们确实将它视为期刊体系的一个补充,而不是一个威胁期刊体系的存在,”Polka说。她还补充道,集中式站点将不会尝试组织同行评议。


伦敦F1000Research平台的总经理Rebecca Lawrence则认为这意味着错失良机。F1000Research平台使用先发布论文再进行同行评议的模式,但不考虑预印本。她希望集中式预印本站点也能提供同行评议,以降低传统期刊对科学家职业生涯的影响力。“这是一个朝着正确方向的重大转变,”Lawrence说,“但我认为我们还应该走得更远。”


ArXiv创始人Ginsparg的最终设想是建立一个“联合知识库”,覆盖各个学科领域,并整合来自arXiv和其它领域的预印本,包括生命科学在内。“在我25年前的设想中,我们比今天的实际要更接近这一愿景的实现,但我仍然认为这是大势所趋,”他说。


Nature|doi:doi:10.1038/nature.2017.21466



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4D Neucleome成为了首个要求在论文接受同行评审前,先在线发表预印本的生物学项目。

点击此处阅读:NIH项目与生命科学预印本



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